供体短缺
供体短缺是全世界器官移植领域面临的共同问题，各国都在积极拓展器官来源。脑死亡器官捐献和心脏死亡器官捐献是欧美等国最主要的器官来源。通过积极宣传和器官捐献协调员的推动，在西班牙、克罗地亚等过器官捐献率可高达百万分之三十左右，有效缓解了器官短缺问题。
在日本、韩国、香港、台湾等国家和地区，活体肝移植技术相当成熟，成为缓解器官短缺问题的有益补充。在我国大陆地区，由卫生部积极推动公民逝世后器官捐献工作，目前也已初见成效。
器官分配
如何公平分配器官也是器官移植领域的热点问题。美国通过器官分享网络 (United Network of Organ Sharing，UNOS)进行受者登记以及供受体匹配和器官分配工作，保证将器官优先分配给最需要的患者。中国器官分配共享系统借鉴欧盟和美国的器官捐献模式，建立起潜在器官捐献者识别系统、器官捐献者登记及器官匹配系统和器官移植等待者预约名单系统，系统依据相关政策执行无人为干预的供受者匹配、器官分配过程，依据公平公正公开的原则进行器官分配。
伦理问题
伦理问题一直是器官移植领域争论的焦点。活体捐献、脑死亡捐献虽然已经成功开展多年，但是针对供体保护、知情同意、捐献获取程序等问题的争议仍然存在。异种移植的问题则更为复杂，虽然异种移植可能在未来成为缓解供体短缺问题的解决途径，但是考虑到现阶段异种移植的不良预后以及疾病播散等风险，目前大多数移植专家都不鼓励异种移植，更有不少国家明确规定禁止实施异种移植。
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